mkt.databases.conservation.KLIFSResidueDotApp
=============================================

.. currentmodule:: mkt.databases.conservation

.. autoclass:: KLIFSResidueDotApp
   :members:
   :private-members:
   :show-inheritance:
   :inherited-members:

   
   .. automethod:: __init__

   
   .. rubric:: Methods

   .. autosummary::
   
      ~KLIFSResidueDotApp._aggregate_singletons
      ~KLIFSResidueDotApp._annotation_callouts
      ~KLIFSResidueDotApp._annotation_lines
      ~KLIFSResidueDotApp._blosum_distance_matrix
      ~KLIFSResidueDotApp._column_stack
      ~KLIFSResidueDotApp._conserved_columns
      ~KLIFSResidueDotApp._dot_style
      ~KLIFSResidueDotApp._drop_pseudokinases
      ~KLIFSResidueDotApp._encode_pockets
      ~KLIFSResidueDotApp._family_label
      ~KLIFSResidueDotApp._family_name
      ~KLIFSResidueDotApp._henikoff_weights
      ~KLIFSResidueDotApp._hover_families
      ~KLIFSResidueDotApp._identity_distance_matrix
      ~KLIFSResidueDotApp._is_kept
      ~KLIFSResidueDotApp._kinome_background
      ~KLIFSResidueDotApp._member_style
      ~KLIFSResidueDotApp._nodelist
      ~KLIFSResidueDotApp._precompute_aa_data
      ~KLIFSResidueDotApp._pseudocount_model
      ~KLIFSResidueDotApp._uniprot_index_at
      ~KLIFSResidueDotApp._walk_node
      ~KLIFSResidueDotApp.analyze_nodes
      ~KLIFSResidueDotApp.build_display_tree
      ~KLIFSResidueDotApp.build_layout
      ~KLIFSResidueDotApp.compute_distance_matrix
      ~KLIFSResidueDotApp.cophenetic_correlation
      ~KLIFSResidueDotApp.critical_depth
      ~KLIFSResidueDotApp.from_conservation_data
      ~KLIFSResidueDotApp.gather_children
      ~KLIFSResidueDotApp.group_concordance
      ~KLIFSResidueDotApp.members_consensus
      ~KLIFSResidueDotApp.node_conservation
      ~KLIFSResidueDotApp.node_information
      ~KLIFSResidueDotApp.nodes_summary
      ~KLIFSResidueDotApp.plot_critical_depth
      ~KLIFSResidueDotApp.residue_dot_layout
      ~KLIFSResidueDotApp.save_app
      ~KLIFSResidueDotApp.to_conservation_data
      ~KLIFSResidueDotApp.tree_children
      ~KLIFSResidueDotApp.tree_count
      ~KLIFSResidueDotApp.tree_members
   
   

   
   
   .. rubric:: Attributes

   .. autosummary::
   
      ~KLIFSResidueDotApp.min_cluster_size
      ~KLIFSResidueDotApp.default_aa
      ~KLIFSResidueDotApp.names
      ~KLIFSResidueDotApp.pockets
      ~KLIFSResidueDotApp.groups
      ~KLIFSResidueDotApp.position_labels
      ~KLIFSResidueDotApp.metric
      ~KLIFSResidueDotApp.blosum_name
      ~KLIFSResidueDotApp.linkage_method
      ~KLIFSResidueDotApp.conservation_threshold
      ~KLIFSResidueDotApp.min_child_members
      ~KLIFSResidueDotApp.weighting
      ~KLIFSResidueDotApp.exclude_pseudokinases
      ~KLIFSResidueDotApp.gap_chars
      ~KLIFSResidueDotApp.distance_matrix
      ~KLIFSResidueDotApp.linkage_matrix
      ~KLIFSResidueDotApp.tree
      ~KLIFSResidueDotApp._node_records
      ~KLIFSResidueDotApp._nodelist_cache
      ~KLIFSResidueDotApp._kinome_bg_cache
      ~KLIFSResidueDotApp._pssm_cache